Sebbene questi archivi non rientrino di per sè nelle competenze degli archivi di Stato, l'Istituto reatino conserva un discreto numero di archivi di enti locali.
Gli archivi dei comuni di Borbona, Fiamignano e Montenero Sabino, oltre a quello ingente del comune di Rieti, sono depositati presso l'Archivio di Stato di Rieti. Nel 2016 a questo corpus comunale si sono aggiunti gli archivi dei comuni di Accumoli e di Amatrice, recuperati a pochissimi giorni dal sisma del 24 agosto e ricoverati nell'Istituto reatino in attesa di poter, un giorno, fare ritorno alle loro sedi naturali.
La presenza del comunale reatino risale alla fase aurorale della storia della sezione di archivio di stato, voluta strenuamente dal sindaco di allora, Angelo Sacchetti Sassetti, impegnato contemporaneamente anche come volontario nella sistemazione del patrimonio documentario della neonata istituzione. Arricchitosi nel corso degli anni con ulteriori versamenti, il fondo è stato al centro di un lungo e complesso intervento di riordino, i cui frutti sono stati dati alle stampe nel 2010 (L'archivio storico del comune di Rieti, a cura di M. Giovannelli, Roma, Ministero per i beni e le attività culturali - Direzione generale per gli Archivi, 2010 [Pubblicazioni degli Archivi di Stato. Strumenti, CLXXXVIII]). Oltre alla parte membranacea costituita da 336 pergamene databili tra il 1225 e il 1765, esso comprende documentazione dal 1376 al 1980, incluso un consistente nucleo di archivi giurisdizionali e aggregati. Preziosi sono inoltre i libri parrocchiali concentrati presso l'ufficio comunale di stato civile in seguito al decreto n. 111, serie n. 92, del 31 ottobre 1860, che interessano, naturalmente con sensibili differenze da luogo a luogo in termini sia di copertura cronologica sia di tipologie di registri, gli anni tra il 1560 e il 1887.
Quanto ai depositi degli altri archivi comunali, effettuati generalmente per garantirne la conservazione e la consultabilità, talvolta essi sono stati determinati da eventi eccezionali, come ad esempio il deposito d'urgenza dell'archivio comunale di Borbona, eseguito nel 1980 all'indomani del terremoto di Norcia del 1979, o quelli, già ricordati, degli archivi di Accumoli e di Amatrice. I fondi comunali sono stati inventariati nel corso degli anni dal personale scientifico dell'Archivio di Stato di Rieti, mentre sia l'archivio di Accumoli sia quello di Amatrice erano stati riordinati e descritti nell'ambito del progetto congiunto della Regione Lazio e della Soprintendenza archivistica, rispettivamente, nel 1992 e nel 1996. Per informazioni su unità eventualmente rimaste in situ o su riconsegne parziali per motivi specifici da parte dell'Archivio di Stato ai comuni interessati si rinvia alle voci per comune della Guida degli archivi storici comunali della provincia di Rieti, a cura di F. Dommarco - P. Giannini, Roma, Gangemi Editore, 2000 (Quaderni della Rivista storica del Lazio, 3). Qui basterà anticipare che tutti i fondi comunali depositati a Rieti dispongono di una parte preunitaria (a partire talvolta dall'antico regime, talaltra dal periodo francese) e includono archivi aggregati, archivi dell'assistenza e archivi giurisdizionali.
Presso l'Istituto si trovano altresì spezzoni degli archivi di altri comuni: di Cantalupo in Sabina, di Fara in Sabina, di Labro, di Montopoli in Sabina, di Morro Reatino, di Poggio Moiano e di Roccantica. Il comune di Contigliano ha infine depositato, nel 1985, l'intero archivio preunitario, inventariato nel 1998. Tutti gli spezzoni comprendono documentazione relativa all'antico regime, al periodo francese e alla Restaurazione, con quello di Labro che si spinge fino al regno d'Italia. Anche in questi casi non mancano schegge di archivi giurisdizionali, dell'assistenza e parrocchiali.
Talvolta con gli archivi comunali sono giunti in Istituto anche archivi del giudice conciliatore, questi sì realmente di pertinenza degli archivi di Stato in quanto archivi statali. È il caso di Accumoli, Amatrice, Borbona, Cantalupo in Sabina, Contigliano e Fiamignano. Include documentazione notarile l'archivio del comune di Contigliano (1 registro, 1748-1875). Attraverso alcuni fondi sono inoltre pervenuti gli archivi di comunità e delegazioni un tempo autonome e successivamente soppresse e aggregate ad altri comuni: San Filippo e Collebaccaro per Contigliano; Bocchignano per Montopoli; Contigliano, Poggio Fidoni e Sant'Elia per Rieti.
Infine, nell'Archivio di Stato di Rieti è presente anche una miscellanea di atti di comuni diversi, formata da quattro buste, con carte databili tra il XVI e il XIX secolo, che si riferiscono a Castelvecchio (Castel di Tora), Contigliano, Longone (Longone Sabino), Monteleone (Monteleone Sabino), Monte Santa Maria, Poggio Bustone, Rivodutri, San Martino di Petrella Salto, Tarano e Toffia.
La vischiosità archivistica ha agito in modo potente sulla documentazione comunale. Ad esempio, per ricostruire la storia della comunità di Cantalupo non si può non consultare anche, tra i fondi dell'Istituto, l'archivio che va sotto il nome della famiglia Camuccini (1488-1900), al cui interno si rinvengono, accanto al carteggio più propriamente familiare, anche i due nuclei documentari delle carte della comunità (1488-1819) e della curia giurisdizionale (1500-1808).
Accanto agli archivi comunali, infine, un fondo imprescindibile per la storia del territorio, segnatamente per quella del XX secolo, è quello della Provincia di Rieti, composto da 1500 buste e 250 registri dal 1927 al 1970. Per indagare i territori dell'attuale provincia all'interno delle circoscrizioni amministrative in cui erano inseriti prima del 1927, ci si deve volgere alla documentazione conservata presso l'Archivio di Stato di Perugia, l'Archivio di Stato dell'Aquila e l'Archivio storico della città metropolitana di Roma Capitale.
